Císař Josef II. svým dekretem z 23. srpna 1784 zrušil všechny městské hřbitovy, hrobky v kostelech a klášterech. (jako příklad můžeme uvést např. původní Malostranský hřbitov na Janském vršku, který dnes připomíná jen cedulka na zdi) a dne 1. června 1786 byly pro Prahu zřízeny nové hřbitovy za branami obce a to zejména z hygienických důvodů.
Od této doby se datuje vznik pražských hřbitovů, např. hřbitova Malostranského, který založili občané Starého města a Malé Strany za hranicemi obce, tj. v místech dnešního Smíchova. Na Olšany byl jako první pohřben 1. července 1786 obecní strážník, na Malostranský hřbitov byl jako první pohřben vrátný z hradčanského ústavu šlechtičen. Takto postupně vznikaly pražské hřbitovy, z nichž některé mají odvozen svůj vznik od samostatných klášterů a kostelů, jako např. Břevnovský hřbitov u Břevnovského kláštera či Vyšehradský hřbitov. Nejvíce hřbitovů bylo pak zakládáno ve druhé polovině 19. století.
Tyto obecní hřbitovy byly později začleněny do Pohřebního ústavu hlavního města Prahy, založeného koncesní listinou ze 6. listopadu 1911. Po vydání zákona č. 180 Sb., z roku 1919, kterým bylo povoleno zpopelňování zemřelých, začalo hlavní město Praha urychleně řešit stavbu krematoria a to v obecní kapli Olšanských hřbitovů (dnešní Nová obřadní síň), které začalo fungovat dne
23. listopadu 1921.
Od této doby se projevil pokles tvorby funerálních plastik na pražských hřbitovech, došlo k pozvolné stagnaci rozvoje a údržby pražských hřbitovů a byly zahajovány stavby pražských krematorií (Strašnice a později Motol) a souvisejících urnových pohřebišť. Jako nový prvek na pražských hřbitovech vznikly „rozptylové louky“, „kolumbární pohřebiště“ a oddělení urnových hrobů.
V sedmdesátých letech dvacátého století docházelo dokonce k tendencím rušit některé pražské hřbitovy jako např. II. – V. hřbitov na Olšanských hřbitovech a hřbitov v Záběhlicích.
Otevřením hranic v roce 1989 s umožněním poznávání některých významných historických hřbitovů (Paříž, Bologna atd.), došlo k postupnému uvědomění si významu a hodnot našich „klenotů“ spočívajících ve funerálním umění zejména 18. a 19. století (např. Vilém Amort, Jan Štursa, J. Kotěra, B. Kafka, Ullmann, Myslbek a další).
Na území hlavního města Prahy se v dnešní době rozkládá vice než 70 lokalit hřbitovů. Z tohoto počtu jich 29 spadá pod Správu pražských hřbitovů, 38 je svěřeno péči jednotlivých městských částí, obě pražská krematoria a 3 urnové hřbitovy spravuje Pohřební ústav hl.m. Prahy. Zbývající pražské hřbitovy jsou zpravidla ve správě církví.
Opatření z roku 1911 (začlenění pražských hřbitovů do Pohřebního ústavu) bylo překonáno usnesením Zastupitelstva hlavního města Prahy v roce 1991, a tak od 1. ledna 1992 Pohřební služba zanikla a byla rozdělena na dvě organizace – Pohřební ústav HLMP a Správu pražských hřbitovů, příspěvkovou organizaci, jako samostatný celek, s vymezením hlavního účelu poskytování komplexních služeb souvisejících se správou a provozem pražských pohřebišť ve zřizovací listině. Stav pražských hřbitovů výrazně ovlivnilo usnesení ZHLMP č. 1158 ze dne 26. října 1999, v němž byl schválen Investiční záměr obnovy pražských hřbitovů v letech 2000 – 2010.
V rámci předpokládaného návrhu záměru obnovy pražských hřbitovů v letech 2000 – 2010 bylo výše uvedeným usnesením ZHLMP přijato rozhodnutí vyčlenit z rozpočtu města finanční prostředky které by měly napomoci pozvednout úroveň všech hřbitovů spravovaných Správou pražských hřbitovů na optimální stav, tj. na standardní evropskou úroveň. U hřbitovů i urnových hájů se především jedná o rekonstrukce objektů včetně technického a sociálního zázemí, rekonstrukce přístupových cest a ohradních zdí, opravy kolumbárií, zřizování nových louček rozptylu, rozvody vody, opravy kanalizačních přípojek, instalace nových orientačních tabulí apod., v souladu se zpracovanou podrobnou studií rozvoje pražských hřbitovů a jejich rozšiřování z roku 1999. Navrženým koncepčním řešením jsou naplňovány příslušné teze Strategického plánu města a potvrzeno směrem k veřejnosti, že hlavní město Praha chce být kulturním centrem Evropy, pečujícím o veřejně prospěšné služby a ochraňující zájmy občanů v oblasti pohřebnictví, tedy v oblasti z hlediska společenské etiky výrazně citlivé a každého se dotýkající. Úspěšným ukončením akcí podporovaných z dotací pro Správu pražských hřbitovů na léta 2007 – 2010 by se tak všechny pražské hřbitovy měly dostat na mezinárodní úroveň.